Τον Μάιο του 1917, τρία παιδιά στην Πορτογαλία δέχονται μέσα από μια σειρά οραμάτων την επίσκεψη της Παναγίας, η οποία τους αποκαλύπτει τρία προφητικά μυστικά. Η Λουτσία ντος Σάντος, ένα από τα παιδιά, αποκαλύπτει στον κόσμο τα δύο, αλλά ζητά το τρίτο να γίνει γνωστό μόνο μετά τον θάνατό της. Ο Πάπας Ιωάννης μαθαίνει το μυστικό το 1960, αλλά το Βατικανό το αποκαλύπτει στον κόσμο μόλις το 2000. Ήταν όμως αυτό το πραγματικό μυστικό, ή ένα βολικό για την εξουσία του Πάπα ψέμα;

Ένα συναρπαστικό μυθιστόρημα με ρίζες στα πραγματικά γεγονότα που συνέβησαν στη Φάτιμα, «Το μυστικό του Βατικανού» διεισδύει στα άδυτα των πιο μυστικοπαθών οργανώσεων του χριστιανισμού και αποκαλύπτει παιχνίδια εξουσίας, παράτυπες λατρείες και πολιτικές ίντριγκες που δεν θα αφήσουν ανεπηρέαστο κανέναν από τους ήρωες. Η αποκάλυψη της Παναγίας στη Λουτσία ντος Σάντος έχει θέσει σε κίνηση γεγονότα που θα συνταράξουν το πρόσωπο της Χριστιανοσύνης όπως την ξέρουμε και κάποιοι είναι αποφασισμένοι να εμποδίσουν πάση θυσία την αλήθεια...