Η Γη έχει αλλάξει. Είκοσι χρόνια περάσαν από τη στιγμή που οι παγκόσμιοι ηγέτες παραδόθηκαν άνευ όρων στις δυνάμεις των εξωγήινων και το XCOM, η τελευταία γραμμή άμυνας του πλανήτη, αποδεκατίστηκε και διασπάστηκε. Τώρα οι εξωγήινοι κυβερνούν τη Γη, χτίζουν αστραφτερές πόλεις που υπόσχονται ένα ιδανικό μέλλον για την ανθρωπότητα.

Από πίσω όμως κρύβεται μια σκοτεινή συνωμοσία που εξολοθρεύει όσους τολμούν να αντισταθούν στη νέα τάξη πραγμάτων. Μόνο όσοι ζουν στα πέρατα του κόσμου έχουν κάποιες ελευθερίες. Εκεί, μια δύναμη ετοιμάζεται να υπερασπιστεί ξανά την ανθρωπότητα.

Aπό τα απομεινάρια του XCOM, ξεκινά και πάλι η αντίσταση. Μια ομάδα που ζει στο περιθώριο της κοινωνίας, έχει ξεκινήσει αντάρτικο ώστε να αποκτήσει τη στήριξη του λαού, να αποκαλύψει τα τρομερά σχέδια των εξωγήινων και να αντεπιτεθεί ενάντια στη θανάσιμη απειλή μια για πάντα.