Στον δεύτερο τόμο της Ωγυγίας, συμπληρώνεται το υλικό του πρώτου τόμου με προσθήκη των εθίμων και της μυθολογίας και άλλων εθνών. Ο Αθ. Σταγειρίτης εστιάζει στην παρουσίαση των πηγών "απλώς μόνον μυθολογικών και Ιστορικώς επειδή ο αναγνώστης πρώτον πρέπει να θεωρήση την ύλην ταύτην όντως απλώς, έπειτα να ζητήση την αγνοουμένην έννοιαν...".

Αντιλαμβανόμενος δε την πολυσήμαντη έκφραση της αρχαίας ελληνικής θεολογίας σημειώνει:
"...ο δε Ορφεύς λέγει τον Ουρανόν Θεού μέγα σοφόν έργον. Των δε Ηρώων τα αγάλματα ήσαν οι ανδριάντες αυτών προς τιμήν Ιδιαιτέραν, ων η τιμή εγίνετο ως μνημόσυνον, και ουχί ως προς Θεόν, εναγισμός λεγομένη.

Όθεν λέγουσί τινες ότι οι Έλληνες δεν ήσαν ειδωλολάτραι, αλλά λατρευταί ένθερμοι των αγνώστων και νοουμένων Θεών, γνωρίζοντες και εν υπέρτατον ον, ανώτερον πάντων, και δημιουργόν των όντων, όπερ ωνόμαζον Δία, ως μαρτυρούσιν οι ύμνοι του Ορφέως, και άλλοι πολλοί, λέγοντες, ότι το θείον είναι αόρατον, απαθές, αμετάβλητον, νοητόν μόνον...

Τέλος δε οι δοξάζοντες αθανασίαν της ψυχής, βεβαίως δεν προσκυνούσιν, ούτε λατρεύουσιν είδωλα. Περί τα τοιαύτα άρα καταγινόμενοι οι Ορφικοί, Πυθαγόρειοι, και οι Πλατωνικοί φιλόσοφοι, είπον πολλά και διάφορα εξ υποθέσεως, ως συμβαίνει πάντοτε, όταν γίνηται συζήτησις περί αγνώστων, και ακατανόητων πραγμάτων...

Οι δε αρχαίοι φυσικοί είχον άλλην τοιαύτην γλώσσαν, δηλούντες δι αυτής τα φυσικά όντα, και τας ενεργείας αυτών... Οι δε ποιηταί έχοντες ελευθερίαν απόλυτον της φαντασίας παρέπλασαν την ύλην όπως ήθελον... Οι δε σχολιασταί και αλληγορηταί, ζητούντες την έννοιαν των ποιητών, επενόησαν και αυτοί πολλά."