Το μυθιστόρημα διαδραματίζεται στο Παρίσι στα τέλη του 19ου αιώνα. Επίκεντρο είναι η Όπερα της πόλης, που γνωρίζει εκείνη την περίοδο μεγάλη δόξα. Στα υπόγεια, όμως, του μεγαλόπρεπου κτιρίου, μακριά από τα εκτυφλωτικά φώτα, κρύβεται ένα μυστικό. Αίθουσες βασανιστηρίων, κρυφά περάσματα, δαιδαλώδεις διάδρομοι, υπόγειες λίμνες και κατακόμβες συνθέτουν έναν παράλληλο κόσμο, στον οποίο βασιλεύει η σκοτεινή μορφή του Έρικ, του Φαντάσματος της Όπερας.

Ο Έρικ, ένας παραμορφωμένος μουσικός που κινείται ανάμεσα στην ιδιοφυία και την παράνοια, ερωτεύεται τη νεαρή σοπράνο Κριστίν. Γίνεται δάσκαλος και προστάτης της, τη μυεί στα μυστικά της μουσικής και τη βοηθά να εξελιχθεί σε μεγάλο αστέρι της όπερας. Ο έρωτάς της, ωστόσο, για τον υποκόμη Ραούλ και η απέχθειά της όταν αντικρίζει το πρόσωπό του πυροδοτούν τη ζήλια και την οργή του και τον οδηγούν στην απαγωγή της.

Με τη βοήθεια του Πέρση, ενός παλιού γνωστού του Έρικ, ο Ραούλ θα προσπαθήσει να σώσει την αγαπημένη του και να λύσει το μυστήριο της δολοφονίας του αδερφού του, που βρέθηκε νεκρός το ίδιο βράδυ.