Στον νέο κόσμο των TMNT οι Χελώνες Νίντζα δεν περιορίζονται μόνο στους υπονόμους αλλά ζουν περιπέτειες τόσο πάνω όσο και κάτω από την επιφάνια του εδάφους. Στην Νέα Υόρκη συμβαίνουν περίεργα γεγονότα ενώ μια περίεργη συναστρία και η εμφάνιση κάποιων περίεργων πλασμάτων δημιουργεί ερωτηματικά. Η πόλη χρειάζεται τις Χελώνες περισσότερο από ποτέ. Με τον Leonardo να λείπει σε ειδική εκπαίδευση, η παρέα πρέπει να πολεμήσει ξεχωριστά μέχρι την επανένωση και την δυνατότητα της συνεργασίας με ειδικές τεχνικές μάχης.