Τι θα γινόταν αν άλλαζε η ιστορία; Στο Steins;Gate Elite θα παρακολουθήσεις την ιστορία από μια ομάδα μαθητών που ανακαλύπτουν τον τρόπο να αλλάζουν το παρελθόν στέλνοντας emails μέσω ενός τροποποιημένου φούρνου μικροκυμάτων. Τα πειράματά τους όμως ξεφεύγουν από τον έλεγχο τους καθώς εμπλέκονται ανώτερες δυνάμεις όπως το SERN, η μυστική οργάνωση Large Hadron Collider και ο John Titor, ο οποίος λέγεται ότι προέρχεται από ένα δυστοπικό μέλλον.