Ο Μπομπ και ο Patrick πέφτουν πάνω σε ένα χαμένο μαγικό φυλακτό που τους πηγαίνει στη μυθική πόλη της Ατλαντίδας. Οι παίκτες έρχονται για να βρουν αυτούς και τους υπόλοιπους φίλους από το Bikini Bottom καθώς ταξιδεύουν με ένα μαγικό λεωφορείο για μια νέα περιπέτεια. Ελπίζοντας να ανακαλύψουν τους θησαυρούς της Ατλαντίδας προκείμενου να εκπληρώσουν το όνειρο του Μπομπ να βρει "Το Πιο Παλιό Μαργαριτάρι στον Κόσμο", είναι στα χέρια των παικτών να δουν αν η πόλη θα τους δώσει όλα όσα επιθυμούν ή αν τα σατανικά σχέδια του Plankton θα τα καταστρέψουν όλα.