Το Resonance Of Fate διαδραματίζεται σε έναν μελλοντικό φανταστικό κόσμο. Η επιφάνεια της γης έχει καλυφθεί από δηλητηριώδη αέρια και για να επιζήσουν, οι άνθρωποι κατασκεύασαν έναν τεράστιο πύργο που ονόμασαν Basel. Σιγά σιγά, οι άνθρωποι δημιούργησαν κατοικίες στον Basel, με πόλεις ολόκληρες να ξεφυτρώνουν στα διαφορετικά επίπεδα του. Πάρε το ρόλο του Vashyron, του Zephyr ή της Leanne, οι οποίοι δουλεύουν ως μισθοφόροι στον πύργο και εκτέλεσε αποστολές για όποιον έχει ανάγκη από βοήθεια. Οι κίνδυνοι όμως είναι πολλοί και οι αποστολές δύσκολες.