Aναλαμβάνεται το ρόλο του Hiro ενός πρωτάρη Ninja που στέλνεται από το συμβούλιο των Νιnja να σώσει τον κόσμο από τον ένα Samurai διεφθαρμένο πολέμαρχο που έχει μετατρέψει όλα τα ζώα σε κακούς Samurai χρησιμοποιώντας την μαύρη μαγεία Kuji. O Hiro ξεκινάει την περιπέτεια του έχοντας μαζί του το μεγαλόσωμο φίλο του Futo και καθώς προχωρεί στην περιπέτεια συναντάει ακόμα περισσότερους, ο καθένας με τα δικά του όπλα και ικανότητες. Όλοι μαζί κάνουν την ομάδα των Mini Ninjas. Στην πορεία τους θα πρέπει να περάσουν και να καταλάβουν 5 μεγάλα κάστρα καθώς και να νικήσουν τους διαβολικούς πολέμαρχους που τα φυλάνε πριν φτάσουν στην τελική μάχη με τον μεγάλο κακό στο κάστρο της φωτιάς. Μόνο τότε θα επιστρέψεις η τάξη στον κόσμο που ζούνε και θα μπορέσουν να επιστρέψουν πίσω.