Έργο κεφαλαιώδους σημασίας, η Γενεαλογία της ηθικής (1887) γράφτηκε δύο χρόνια μετά το Έτσι μίλησε ο Ζαρατούστρα και απέβλεπε να ρίξει περισσότερο φως στις ιδέες που εκφράζονταν στο δημοσιευμένο πρίν ένα χρόνο Πέρα απο το καλό και το κακό. Στο Ecce Homo ο ίδιος ο Νίτσε συνοψίζει με εξαίρετο τρόπο το περιεχόμενο του:

"Οι τρεις πραγματείες που αποτελούν τη Γενεαλογία της ηθικής είναι ίσως το πιο αλλόκοτο πράγμα που γράφτηκε μέχρι σήμερα... Η αλήθεια της πρώτης πραγματείας είναι η ψυχολογία του χριστιανισμού: η γέννηση του χριστιανισμού από το πνεύμα της μνησικακίας, όχι απο το ''πνεύμα'', όπως πιστεύει ο κόσμος' ο χριστιανισμός είναι ένα αντικίνημα λόγω της ίδιας του της φύσης, η μεγάλη εξέργεση εναντίον της κυριαρχίας των ευγενών αξιών. Η δεύτερη πραγματεία δίνει την ψυχολογία της ηθικής συνείδησης - που δεν είναι, όπως πιστεύει ο κόσμος, ''η φωνή του Θεού μέσα στον άνθρωπο'': είναι το ένστικτο της σκληρότητας που στρέφεται εναντίον του εαυτού του, όταν δεν μπορεί πια να εκφορτιστεί προς τα έξω... Η τρίτη πραγματεία δίνει την απάντηση στο ερώτημα του πού οφείλεται η τεράστια δύναμη του ασκητικού ιδεώδους των κληρικών, παρά το ότι είναι το κατ' εξοχήν επιβλαβές ιδεώδες, μια θέληση για τέλος, ένα ιδεώδες της παρακμής.''