Η προσφορά του Παράκελσου στην ιατρική είναι αδιαμφισβήτητη. Οι καινοτομίες του και η επιτυχία του στις θεραπείες δεν ήταν δυνατόν να γίνουν κατανοητές από τους λιγότερο ικανούς γιατρούς και καθηγητές κι έτσι ο Παράκελσος συγκέντρωσε το μίσος τους και ήταν διαρκώς μία πέτρα του σκανδάλου. Η διαμάχη αυτή δεν έμεινε βέβαια σε ακαδημαϊκό και θεωρητικό επίπεδο: ο Παράκελσος κατηγορήθηκε άδικα για αγυρτεία, για τσαρλατανισμό, για μαγικές πρακτικές και απάτες.
Μετά τον θάνατό του, αρχικά απλώθηκε σιγή για το έργο του, του οποίου τον όγκο και την αξία γνώριζαν λίγοι μόνο άνθρωποι. Από τα έργα του, ελάχιστα είχαν δημοσιευθεί όσο εκείνος βρισκόταν ακόμα στη ζωή, εξ αιτίας της αντίδρασης του ιατρικού κατεστημένου.