Στο Resistanse 3: οι Chimera έχουν επικρατήσει πλήρως στη γη και η ανθρωπότητα κάνει μια απελπισμένη προσπάθεια να επανέλθει. Ο Joseph Capelli κρύβεται μαζί με την οικογένειά του και άλλους επιζήσαντες μακριά από τους εισβολείς. Έχει σταματήσει τη δράση του και απλά προσπαθεί να κρατήσει ζωντανούς τη γυναίκα του και το γιο του. Όταν όμως ο Dr. Malikov τον πείθει ότι υπάρχει τρόπος να πλήξουν σοβαρά τους Chimera, ο Capelli παίρνει την δύσκολη απόφαση να αφήσει πίσω την οικογένειά του και να ξεκινήσει ένα ταξίδι διασχίζοντας όλη την Αμερική προκειμένου να φτάσει στη Νέα Υόρκη. Παράλληλα, στην πορεία του θα βοηθήσει τις αντάρτικες ομάδες να συνεχίσουν τη μάχη τους προκειμένου να διατηρηθεί ζωντανή η αντίσταση.