Μετά το τέλος του πολέμου στο Red Faction Guerilla, η επιφάνεια του Αρη καταστράφηκε, αναγκάζοντας τους επιζώντες να αναζητήσουν καταφύγιο κάτω από το έδαφος. Ανάμεσά τους και ο Darius Mason, εγγονός του Alec Mason του Guerilla. Μια άγνωστη εξωγήινη φυλή άρχισε να επιτίθεται στους επιζώντες, σκοτώνοντας αθώους κατοίκους. Για κάποιο λόγο, όλοι κατηγορούν τον Mason ο οποίος καλείται να «καθαρίσει» το όνομά του.