Ο παίκτης, σαν θαρραλέος πολεμιστής που είναι, καλείται να αντιμετωπίσει τις στρατιές του Lord Bane για να αποκαταστήσει την τάξη και την ειρήνη στην Etheria. Ο παίκτης επιλέγει έναν τύπο μαχητή και ξεκινάει μια σειρά από αποστολές, σε κάθε μια από τις οποίες έρχεται αντιμέτωπος και με κάποιον πολεμιστή ή τέρας. Το Puzzle Quest, όπως άλλωστε προδίδει κι ο τίτλος του, είναι ένας τίτλος γρίφων, στον οποίο οι μάχες διεξάγονται σε έναν πίνακα γεμάτο με πετράδια διαφόρων χρωμάτων. Σκοπός του παίκτη είναι μετακινεί ένα πετράδι κάθε φορά και να ταιριάζει τρία ή περισσότερα από τα πετράδια με το σχήμα κρανίου, για να μειώνει την μπάρα της ζωής του αντιπάλου του. Το παιχνίδι παίζεται με εναλλαγή γύρων, που σημαίνει ότι μόλις ο παίκτης σκεφτεί με την άνεσή του και κάνει την κίνησή του, ακολουθεί ο αντίπαλος με την δική του κίνηση. Εξίσου μεγάλη απόλαυση θα αποτελέσει και το Multiplayer κομμάτι του τίτλου . Η αναμέτρηση με έναν φίλο είναι πάντα μια ξεχωριστή υπόθεση και ο νους των πιο παλιών θα πάει σίγουρα στο Super Puzzle Fighter II και στις επικές μάχες μεταξύ δύο παικτών. Αν και το Puzzle Quest είναι ελαφρώς διαφορετικό, οι μάχες του είναι το ίδιο επικές!