Η ιστορία της Samus συνεχίζεται μετά τα γεγονότα του Metroid Fusion όταν κατεβαίνει στον πλανήτη ZDR για να διερευνήσει μια μυστηριώδη μετάδοση που εστάλη στη Galactic Federation. Ο απομακρυσμένος πλανήτης έχει καταληφθεί από μοχθηρά εξωγήινα όντα και ψυχρές μηχανικές απειλές. Η Samus είναι πιο ευέλικτη και ικανή από ποτέ, αλλά μπορεί να ξεπεράσει την απάνθρωπη απειλή καταδιώκοντας τα βάθη του ZDR;

Αντιμετώπισε αδυσώπητα E.M.M.I. ρομπότ - Κάποτε ερευνητικές μηχανές εξαγωγής DNA, τα επιβλητικά Ε.Μ.Μ.I κυνηγούν τώρα την Samus. Οι εντάσεις είναι υψηλές καθώς ξεφεύγεις από αυτά τα E.M.M.I. για να αποφύγεις έναν σκληρό θάνατο, ενώ προσπαθείς να βρεις έναν τρόπο να τα εξοντώσεις. Μάθε τι μετέτρεψε αυτά τα ρομποτικά θαύματα στη μάστιγα του ZDR και διέφυγε ζωντανός.Νιώσε τη δύναμη της Samus να αυξάνεται καθώς κερδίζεις δυνάμεις και ικανότητες.

Απόκτησε νέες και οικείες ικανότητες καθώς διασχίζεις τα πολλά περιβάλλοντα αυτού του επικίνδυνου κόσμου. Πήδα τα εμπόδια, πέρασε μέσα από στενούς χώρους, αντιμετώπισε τους εχθρούς και πολέμησε καθώς περιπλανιέσαι στον πλανήτη. Επέστρεψε στις περιοχές και χρησιμοποίησε τις νέες δυνατότητές σου για να βρείς αναβαθμίσεις, εναλλακτικές διαδρομές και έναν δρόμο προς τα εμπρός. Εξερεύνησε τον εκτεταμένο χάρτη, απόφυγε και κατάστραψε τα E.M.M.I. ρομπότ και υπερνίκησε τη τρομερή μάστιγα ZDR.