Η τριλογία τελειώνει με εντυπωσιακό τρόπο! Έξι μήνες έχουν περάσει από τα γεγονότα στον πλανήτη Aether. Το δίκτυο των υπολογιστών της Galactic Federation, οι Aurora Units, ξαφνικά μολύνονται πλήρως από κάτι σαν ιό και αυτό που σώζει το δίκτυο από το να καταρρεύσει είναι η γρήγορη δράση. Η Ομοσπονδία πιστεύει ότι οι Space Pirates μπορεί να είναι πίσω από το πρόβλημα και, ξεκινώντας με την Samus, αρχίζουν να επικοινωνούν με κυνηγούς κεφαλών. Καθώς λαμβάνει χώρα η ενημέρωσή τους από την ομοσπονδία, ξεκινά η επίθεση των πειρατών…