Ο Big Boss Naked Snake, βιολογικός πατέρας του Solid Snake, επιστρέφει για να πολεμήσει στις ζούγκλες της Κόστα Ρίκα. Η Κόστα Ρίκα έχει εισβολή από μία στρατιωτική δύναμη που έχει στα χέρια της μία πυρηνική κεφαλή "Peace Walker". Ο μόνος που μπορεί να βοηθήσει είναι ο Snake. Θα τα καταφέρει;