Έτος 1204 μ.Χ: τα στρατεύματα της Δ' Σταυροφορίας, που έχουν εισβάλει στον ελληνικό χώρο, καταλαμβάνουν και λεηλατούν την Κωνσταντινούπολη. Η Βυζαντινή Αυτοκρατορία διαμελίζεται και στην επικράτειά της σχηματίζονται νέα ελληνικά και λατινικά κρατίδια. Τρία χρόνια αργότερα, ένα ετερόκλητο πλήθος από τυχοδιώκτες υπό τον Βενετό ευγενή, Μάρκο Σανούδο κυριεύει τη Νάξο, καθώς και άλλα νησιά των Κυκλάδων. Έκτοτε το νησί της Αριάδνης θα γίνει η πρωτεύουσα του Δουκάτου του Αιγαίου Πελάγους ή του Αρχιπελάγους, μιας ανεξάρτητης λατινικής ηγεμονίας με διάρκεια ζωής τρεισήμισι περίπου αιώνων.

Στη συνέχεια Βενετοί και άλλοι Δυτικοί έποικοι θα εγκατασταθούν στο νησί και θα κυριαρχήσουν εκεί για τους επόμενους αιώνες, εγκαθιδρύοντας ένα φεουδαλικό σύστημα που θα ισχύει σε γενικές γραμμές μέχρι τις παραμονές της Ελληνικής Επανάστασης με συνέπεια η λατινική εξουσία να διατηρηθεί ουσιαστικά και κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Κατά το διάστημα αυτό η Νάξος θα βρεθεί στο «μάτι του κυκλώνα» του βενετοτουρκικού ανταγωνισμού για κυριαρχία στο Αιγαίο, ενώ η έλευση και η δραστηριοποίηση Γάλλων κυρίως καθολικών μοναχών - με την ανοχή των Οθωμανών - θα ενισχύσει την προϋπάρχουσα δυτική παρουσία στο νησί, σηματοδοτώντας παράλληλα τη μετάβαση από τη βενετική στη γαλλική σφαίρα επιρροής.