Το παιχνίδι ακολουθεί την υπόθεση της επερχόμενης ταινίας αλλά αντλεί έμπνευση και από τις σελίδες του κόμικ. Οι πρώτες πίστες του παιχνιδιού οδηγούν την ομάδα των τεσσάρων υπερηρώων σε ένα ορυχείο των εξωγήινων Skrull, ενώ άλλες τοποθεσίες περιλαμβάνουν την Σαγκάη και τα Ιμαλάια. Παίρνετε λοιπόν των έλεγχο των Fantastic Four χωρίζοντας καθώς διασχίζετε κάθε επίπεδο το χρόνο ανάμεσα σε κάθε έναν από αυτούς. Μιας και κάθε αντίπαλος απαιτεί τη χρήση συγκεκριμένης δύναμης από συγκεκριμένο ήρωα.