Στο έκτο βιβλίο ο Ηρόδοτος συνεχίζει την περιγραφή της εναντίον των Περσών ιωνικής επανάστασης. Ακολουθεί αναφορά του στην πρώτη απόπειρα των Περσών να καθυποτάξουν τη μητροπολιτική Ελλάδα με την καταστροφή του στόλου του Μαρδόνιου στον 'Αθω.

Η δεύτερη περσική απόπειρα, η οποία εξιστορείται στη συνέχεια του βιβλίου, θα έχει ως συνέπειά της την ελληνική νίκη στον Μαραθώνα. Στο τέλος του βιβλίου περιγράφεται η τραγική πτώση του νικητή του Μαραθώνα Μιλτιάδη.