Στην Επιστολή του ο Locke θέτει ζητήματα που για πολλές σύγχρονες κοινωνίες, συμπεριλαμβανομένης και της δικής μας, εξακολουθούν να είναι επίκαιρα και ζωτικού ενδιαφέροντος. Πάνω απ' όλα, ο Locke θέτει το ζήτημα της θρησκευτικής ελευθερίας και γενικότερα το ζήτημα της ελευθερίας της συνείδησης. Στρέφεται κατά του θρησκευτικού φανατισμού και του εξωλογικού δογματισμού και υπερασπίζεται το αίτημα μιας ανεκτικής κοινωνίας. Στην κατεύθυνση αυτή θέτει ως απαραίτητη προϋπόθεση τη διάκριση της κοσμικής από τη θρησκευτική σφαίρα, το χωρισμό της εκκλησίας από το κράτος.