Η πολυβραβευμένη Crytek επιστρέφει με το Crysis 3! Οι παίκτες αναλαμβάνουν το ρόλο του Prophet, όπου ο ίδιος επιστρέφει στη Νέα Υόρκη, για να ανακαλύψει ότι η πόλη έχει μετατραπεί σε ένα γιγαντιαίο Nanodome που δημιουργήθηκε από την διεφθαρμένη Cell Corporation. Η Νέα Υόρκη είναι πλέον ένα πραγματικό αστικό δάσος γεμάτο με δέντρα, πυκνή βλάστηση, βάλτους και ποτάμια. Μέσα στην πόλη επτά διαφορετικές περιοχές με ύπουλα περιβάλλοντα έχουν γίνει γνωστά ως τα επτά θαύματα.

Τοποθετημένο το 2047, ο Prophet είναι σε αποστολή εκδίκησης μετά την αποκάλυψη της αλήθειας πίσω από τα κίνητρα της Cell Corporation για την οικοδόμηση της πόλης. Οι πολίτες είχαν πει ότι τα γιγαντιαία Domes χτίστηκαν για την προστασία του πληθυσμού και για να καθαρίσουν τα υπολείμματα των εξωγηίνων δυνάμεων Ceph. Στην πραγματικότητα, τα Nanodomes είναι η συγκαλυμμένη προσπάθεια της Cell Corporation για την αρπαγή της τεχνολογίας των Ceph με σκοπό την παγκόσμια κυριαρχία.