Το Valkyria Chronicles 4 διαδραματίζεται στο ίδιο χρονικό πλαίσιο με το αρχικό Valkyria Chronicles, αλλά επικεντρώνεται στο Squad E της Ομοσπονδίας. Ο διοικητής Claude Wallace και οι παιδικοί του φίλοι ξεκίνησαν να πολεμήσουν για την ελευθερία σε αυτόν τον απελπισμένο πόλεμο, αλλά οι χιονοθύελλες, τα κύματα των αυτοκρατορικών στρατιωτών και οι θεϊκές δυνάμεις της Βαλκυρίας στέκονται ανάμεσα τους και τη νίκη.