Το UNDER-NIGHT IN-BIRTH Exe: Latest διαδραματίζεται σε μια φανταστική εκδοχή της σύγχρονης Ιαπωνίας, όπου μία φορά το μήνα οργανώνεται ένα μυστηριώδες φαινόμενο που ονομάζεται Hollow Night. Στη διάρκεια του Hollow Night, σκιώδη πλάσματα που αποκαλούνται Voids εμφανίζονται και επιτίθενται σε αθώους ανθρώπους. Όσοι επιβιώνουν από αυτές τις επιθέσεις αναπτύσσουν κάποιες φορές ειδικές ικανότητες και πλέον αποκαλούνται In-Birth. Το παιχνίδι ακολουθεί τα βήματα ενός νεαρού άντρα με το όνομα Hyde, ενός επιζώντα μιας τέτοιας επίθεσης, καθώς εκείνος εμπλέκεται σε όσα διαδραματίζονται με αφορμή το φαινόμενο Hollow Night.