Το Crysis 3 Hunter Edition περιλαμβάνει πρώιμη πρόσβαση στο νέο τόξο Predator και τα εξαρτήματα του, καθώς και το Hunter Nanosuit module το οποίο προσθέτει δύναμη και λειτουργικότητα στην στολή σας. Ακόμα οι παίκτες που θα προπαραγγείλουν το Crysis 3 Hunter Edition θα έχουν ένα προβάδισμα όταν παίζουν multiplayer, καθώς θα ξεκινήσουν από το επίπεδο 5, θα λάβουν ένα μοναδικό skin για το τόξο Predator, βέλη "Recon Arrow" και τρεις αποκλειστικές Τ.Α.Π.. Έτος 2047. Ο Prophet βρίσκεται σε μια αποστολή εκδίκησης μετά την αποκάλυψη των πραγματικών κίνητρων της Cell Corporation πίσω από την κατασκευή των αποκλεισμένων Nanodomes. Η επίσημη ανακοίνωση ήταν ότι αυτές οι τεράστιες κατασκευές θα προστάτευαν τους πολίτες και θα καθάριζαν τις πόλεις από τα απομεινάρια των δυνάμεων των Ceph. Στην πραγματικότητα τα Nanodomes είναι μέρος του σχεδίου της CELL για απόκτηση τεχνολογίας και γης, με απώτερο σκοπό την παγκόσμια κυριαρχία. Με τους εξωγήινους Ceph να παραμονεύουν σε κάθε γωνιά και τους γήινους εχθρούς να επιτίθενται απρόσμενα, κανείς δεν είναι ασφαλής. Όλοι είναι στόχοι καθώς ο Prophet παίρνει την εκδίκηση του.