Η υπόθεση ξεκινά στα εγκαίνια του νέου θεματικού πάρκου του Μάριο, όπου η Πωλίν είναι ειδική προσκεκλημένη και οι 100 πρώτοι επισκέπτες θα λάβουν ως δώρο μια μίνι φιγούρα της. Η καταστροφή δεν αργεί να χτυπήσει, καθώς ο Donkey Kong είναι ο εκατοστός-πρώτος καλεσμένος και αντί να φύγει με άδεια τα χέρια, αρπάζει την Πωλίν και χάνεται μέσα στο πάρκο. Τώρα ο Μάριο έχει ως αποστολή να σώσει την καλεσμένη του, καθοδηγώντας μίνι κλώνους του σε 200 παιχνίδια δράσης και παζλ, γεμάτα με παγίδες από τον δαιμονιο γορίλλα!