Tο Ninja Gaiden 3 προσφέρει για πρώτη φορά μία ματιά στο κόσμο μέσα απο τα μάτια του Hayabusa, δείχνοντας τι τον ωθεί να αγωνίστεί και να σκοτώσει. Στο κέντρο της σύγκρουσης είναι αυτή τη φορά γύρω απο ένα μασκοφόρο άνδρα του οποίου τα κίνητρα και οι στόχοι είναι ασαφείς. Μέσα απο μυστηριώσεις δυνάμεις, αλλάζει τον Hayabusa και οι γραμμές μεταξύ του ήρωα και του κακοποιού, του καλού και του κακού, γίνονται θολές για πάντα. Με μιά νέα ιστορία, νέο gameplay και νέα modes, το Ninja Gaiden 3 σηματοδοτεί μία νέα κατεύθυνση σε αυτό το fan-favorite franchise.

Στην εκδοση Razor's Edge recut του παιχνιδιού, ένας θυλικός ninja η Ayane πέρνει μέρος στην μάχη σαν νέος χαρακτήρας σε αποκλειστικά δικά της κεφάλαια μέσα στο story mode. Με περισσότερα όπλα και Ninpo, ένα νέο σύστημα εξέλιξης χαρακτήρα, ένα επανασχεδιασμένο σύστημα μάχης, νέο χαρακτήρα, co-op παιχνίδι για δύο παίχτες που χρησιμοποιούν τον Ryu και την Ayane. Το Razor's Edge βελτιώνει το Ninja Gaiden 3 με κάθε τρόπο.