Η Βασίλισσα των λεπίδων έχει φύγει. Από την πλανήτη Χαρ, ο Jim Raynor καταφέρνει να αξιοποιήσει την δύναμη ενός αρχαίου artifact των Xel'Naga σε μια απελπισμένη προσπάθεια να σταματήσει τους Zerg από το να κατακτήσουν τον Koprulu sector, κατορθώνοντας στην πορεία με το artifact των Xel'Naga να υποκαταστήσει την Sarah Kerrigan στην ανθρώπινη μορφή της. Χωρίς βασίλισσα τους να τους καθοδηγήσει και ενοποιήσει τα σμήνη των Zerg έχουν σπάσει σε πολλά κομμάτια διάσπαρτα σε όλη τον Koprulu sector. Μία από τις μεγαλύτερες απειλές για το γαλαξία έχει εξουδετερωθεί ... ή έτσι φαίνεται.

H Sarah Kerrigan είναι ελεύθερη. Ακόμη και χωρίς τις τρομερές δυνάμεις της βασίλισσας των Λεπίδων ή την ισχύ της του Σμήνους κάτω από τις εντολές τις, η πρώην Ghost παραμένει ένας εχθρό που θα πρέπει να λάβουν σοβαρά υπόψη. Αλλά εάν το artifact πραγματικά την ελευθέρωσε ,τότε γιατί η Kerrigan αναζητά τις ορδές των Zerg που είναι διασκορπισμένες σε όλο τον Koprulu sector? Τι απέγινε ο Jim Raynor? Η Kerrigan αναζητά ακόμα την εκδίκηση ή η μεταμόρφωση της έδωσε ένα καινούργιο σκοπό?