To Quake Wars είναι ενα class-based, objective focused ομαδικό παιχνίδι, οπου οι ομάδες στηρίζονται σε ανθρώπινη (GDF) και εξηγηινη (Strogg) τεχνολογία. Αν και οι ομάδες δεν είναι ίδιες στις δύο πλερές, όλες έχουν τα ίδια βασικά όπλα και συσκευές για να ολοκληρώσουν τα objectives τους. Σε αντίθεση με άλλα team-based online games, το gameplay είναι πολύ πιο εστιασμένο σε ένα ή δύο κύρια objectives.

Αυτό οδηγέι σε πολύ πιό έντονες και επικεντρωμένες μάχες, θυμίζοντας το κλασσικό Unreal Tournament assault mode. Κάθε player class έχει νέα objectives να εμφανίζονται μέσα στη μάχη, πολλές φορές σχετικά με τις ειδικές ικανότητες της συγκεκριμένης class. Το παιχνίδι έχει experience points (XP) rewards system που δίνει xp σε κάθε παίκτη ανάλογα με την αποστολή που ολοκληρώθηκε.

Το xp ξεκλειδώνει διάφορα είδη νέου εξοπλισμού και όπλων, καθώς και νέων abilities. Μετά απο κάθε campaign ολα αυτά που ξεκλειδώνουν κάνουν reset, ωστε να ξεκινήσετε να κάνετε νέες αποστολές με όλες τις ομάδες να ξεκινάνε απο μηδενική βάση!