Το Nintendo 3DS περιλαμβάνει δύο οθόνες. Η επάνω στερεοσκοπική 3D οθόνη δίνει στα αντικείμενα των παιχνιδιών την αληθινή αίσθηση του βάθους. Κοιτώντας προς την οθόνη είναι σα να συνδέεστε μέσω ενός παραθύρου με τον κόσμο, όπου οι χαρακτήρες και τα αντικείμενα φαίνονται σαν πραγματικά, χωρίς να χρειάζεστε ειδικά γυαλιά. Η κάτω οθόνη αφής, κάνει χρήση ενός τηλεσκοπικού stylus, το οποίο αποθηκεύεται στη συσκευή.

Το σύστημα διαθέτει επίσης έναν ρυθμιστή βάθους 3D (3D Depth Slider) που επιτρέπει στους παίκτες να επιλέγουν το επίπεδο 3D που τους αρέσει περισσότερο. Η 3D επίδραση μπορεί να αυξηθεί μέχρι το ανώτερο επίπεδο, να μειωθεί σε πιο μέτρια ρύθμιση ή να απενεργοποιηθεί τελείως, ανάλογα με τις προτιμήσεις σας. Και φυσικά, το Nintendo 3DS μπορεί να παίξει παιχνίδια Nintendo DS με τα κανονικά 2D γραφικά.

Πέρα από τον γνωστό σταυρό κατεύθυνσης και τα πλήκτρα ελέγχου που βρίσκονται και στις προηγούμενες συσκευές της Nintendo, το Nintendo 3DS τώρα διαθέτει και αναλογικό κυκλικό μοχλό (CirclePad), που παρέχει πλήρη κατεύθυνση σε 360 μοίρες, δίνοντάς του έτσι την ελευθερία και την ακρίβεια που χρειάζεται για να κάνει αναπαραγωγή παιχνιδιών σε 3D κόσμους.

Με ενσωματωμένο αισθητήρα κίνησης (motion sensor) και γυροσκόπιο (gyrosensor) μπορεί να αντιδρά στην κίνηση και την κλίση του συστήματος, έτσι ώστε είτε όταν οι παίκτες κλίνουν την κονσόλα τους ή κινώντας την πάνω ή κάτω, τα παιχνίδια για το Nintendo 3DS που θα είναι συμβατά με αυτές τις λειτουργίες θα ανταποκρίνονται άμεσα.

Eφαρμογή StreetPass είναι ικανή να ανταλλάσσει πληροφορίες των παιχνιδιών με άλλα συστήματα Nintendo 3DS, όπως δεδομένα των χαρακτήρων Mii, χάρτες παιχνιδιών ή υψηλά σκορ καθώς και τα διαμορφωμένα στοιχεία χαρακτήρων για διάφορα παιχνίδια. Η εφαρμογή SpotPass μπορεί να συνδεθεί στο internet από δημόσια hot-spot ή από το οικιακό σας δίκτυο, ακόμη και όταν η κονσόλα είναι σε κατάσταση αναμονής (SleepMode). Μόλις συνδεθεί, το Nintendo 3DS θα λαμβάνει νέο περιεχόμενο και ενημερώσεις σε τακτά χρονικά διαστήματα. Eπιπλέον, ένας αναβαθμισμένος Internet browser θα είναι διαθέσιμος μέσω αναβάθμισης συστήματος.

Το Nintendo 3DS έχει τρεις κάμερες. Η μια κάμερα είναι στραμμένη προς τον χρήστη, ενώ οι άλλες δύο βλέπουν εξωτερικά. Αυτές οι δύο εξωτερικές κάμερες λαμβάνουν φωτογραφίες και σε 3D. Το διασκεδαστικό, προεγκατεστημένο παιχνίδι Face Raiders προτρέπει τους χρήστες να στοχεύουν αστείες απεικονίσεις του εαυτού τους.

Με το Nintendo 3DS Sound, οι χρήστες μπορούν να διασκεδάσουν με εργαλεία διαχείρισης ήχων ή να διασκεδάζουν ακούγοντας τα MP3 ή AAC μουσικά αρχεία.

Με ενσωματωμένη τη λειτουργία γονικού ελέγχου μπορείτε να περιορίσετε την πρόσβαση στο internet ή κάποιες από τις ασύρματες λειτουργίες. Χρησιμοποιώντας ένα κωδικό, οι γονείς μπορούν να ακόμη να απενεργοποιήσουν την λειτουργία 3D ή ελέγχουν το είδος των παιχνιδιών που τα παιδιά τους μπορούν να παίξουν.

Κάθε Nintendo 3DS περιλαμβάνει μια κάρτα μνήμης SD 2GB. Αυτή, μπορείτε να τη χρησιμοποιήσετε για να αποθηκεύετε τις 3D φωτογραφίες και τις ηχογραφήσεις από το Nintendo 3DS, καθώς και μουσική MP3 & AAC από το PC σας. Επιπλέον, μπορείτε να αποθηκεύετε παιχνίδια που κατεβάσατε από το Nintendo eShop ή απλά να την αλλάξετε με μια μεγαλύτερη, μιας και το Nintendo 3DS υποστηρίζει ακόμα και κάρτες μνήμης SDHC.