Χωρίς να έχει περάσει πολύς καιρός μετά το δεύτερο ταξίδι του Sora, ο Jiminy καθώς ξεφυλλίζει το ημερολόγιο στο οποίο καταγράφουν τους περιπέτειες τους ανακαλύπτει ένα μυστηριώδες μήνυμα σε μια από τις σελίδες: "Αυτό που τους πληγώνει θα επιδιορθωθεί μόνο όταν επιστρέψετε να βάλετε ένα τέλος σε αυτό" Για να ανακαλύψουν τα μυστικά του μηνύματος, ο βασιλιάς και οι φίλοι του αποφασίζουν να ψηφιοποιήσουν το ημερολόγιο για περαιτέρω ανάλυση. Ωστόσο θα αρχίσουν να ανησυχούν όταν θα ανακαλύψουν ότι στο «datascape» στο εσωτερικό του ημερολογίου έχουν σημειωθεί σημαντικά σφάλματα και προβλήματα που δεν επιτρέπουν την ανάλυση του. Τώρα θα πρέπει τα δεδομένα τα οποία έχει καταγράψει ο Sora στις σελίδες του ημερολογίου να εξαλειφθούν από αυτά τα σφάλματα, καθώς μια νέα περιπέτεια έχει ήδη ξεκινήσει.