Η συνέχεια του επιτυχημένου τίτλου για το Nintendo DS έρχεται αποκλειστικά στο Wii! Βοηθήστε τον Raguna να δημιουργήσει τη δική του φάρμα, αναπτύσσοντας τρία διαφορετικά είδη συγκομιδών, ανάλογα με την κάθε εποχή του χρόνου. Ταυτόχρονα όμως, θα εξερευνήσει τους τέσσερις διαφορετικούς λαβυρίνθους του Rune Factory Frontier και θα αναπτύξει και σε αυτούς τη σοδειά του, αναλόγως με το είδος φυτών που ευνοεί ο καθένας. Όλα όμως εξαρτώνται από τους Runeys, αυτοί είναι που καθορίζουν την ομαλή λειτουργία του οικοσυστήματος. Όταν βρίσκονται σε πληθώρα και σε πλήρη αρμονία, υπάρχει ευημερία, όταν όμως λείπουν η φάρμα αναπτύσσεται με πολύ πιο αργό ρυθμό από τον κανονικό.