Ο Μεγαλύτερος στρατός των σούπερ Ηρώων Marvel επιστρέφει! Ποτέ πριν δεν είχαμε μεγαλύτερη συλλογή δυνάμεων στα χέρια μας από αυτή που μας δίνει το Marvel Ultimate Alliance 2, με τη συνολική ισχύ 24 ηρώων του θρυλικού Marvel Universe, από το θεό Thor και τους ηρωικούς Iron Man και Captain America, μέχρι τον παρανοϊκό εκτελεστή Deadpool. Το σύμπαν Marvel διαλύεται. Εσύ και η ομάδα των σούπερ Ηρώων Marvel βοηθούν τον Nick Fury να προωθήσει μια μυστική επίθεση εναντίον της Latveria και της Lucia Von Bardas έτσι ώστε να τις εκδικηθούν για την επίθεση τους στη Νέα Υόρκη. Η αμερικανική κυβέρνηση ψήφισε το Super-hero Registration Act, σύμφωνα με τον οποίο κάθε υπέρ-ήρωας έπρεπε να αποκαλύψει την ταυτότητά του στην κυβέρνηση και να πάρει ειδική άδεια για να ασκεί τα καθήκοντά του ως ήρωας...ενώ όσοι αρνούνταν θα ήταν παράνομοι και θα διώκονταν σαν κακοποιοί. Έτσι και εμείς νωρίς στο παιχνίδι, έχουμε την ευχέρεια να επιλέξουμε όχι μόνο την πλευρά μας, αλλά και ποιους ήρωες θα πάρουμε μαζί μας.