Λειτουργικά, το Mercury Meltdown δεν αλλάζει την πρωτότυπη συνταγή του. Έχετε ακόμα μία σταγόνα υδράργυρου (ή και περισσότερες) στην αρχή κάθε επιπέδου και αναλαμβάνετε να την οδηγήσετε στην γραμμή τερματισμού. Καθώς προχωράτε θα συναντήσετε παγίδες, γκρεμούς, στενά περβάζια, χρωματισμένους μοχλούς και πύλες, και άλλα δυσάρεστα εμπόδια. Για να τα παρακάμψετε θα χρειαστεί να κάνετε τα πάντα, από το να χωρίσετε τη σταγόνα σας σε πολλαπλά κομμάτια, έως να τις χρωματίσετε και να τις συνδυάσετε σε νέα χρώματα. Και σε μία νέα προσθήκη του παιχνιδιού, κατά καιρούς θα χρειαστεί να αλλάξετε την πυκνότητα της σταγόνας σας θερμαίνοντας ή ψυχραίνοντάς τη. Η επιτυχία στις αποστολές σας απαιτεί ακριβείς κινήσεις και προσεκτικό σχεδιασμό. Επιπλέον επίπεδα ξεκλειδώνετε ανάλογα με την ποσότητα υδράργυρου που έχετε στο τέλος κάθε πίστας. Κάθε κόσμος αποτελείται από περίπου 17 επίπεδα, με το παιχνίδι να φτάνει τα 160 επίπεδα συνολικά. Κάθε επίπεδο είναι ξεχωριστό με το δικό του τρόπο, χωρίς να επαναλαμβάνεται ποτέ.