Ο πρωταγωνιστής του Prototype είναι ένας άνδρας, ο Alex Mercer. Η ιστορία ξεκινά την ημέρα που ο Alex ξυπνά στο νεκροτομείο της πόλης, ως νεκρός, για να ανακαλύψει ότι τα πράγματα γύρω του δεν είναι αυτό που φαίνονται.

Ο Alex ξυπνά με αμνησία και είναι μολυσμένος με έναν ιό, ο οποίος πέρα από τα αρνητικά του δίνει την ικανότητα να μπορεί να μεταλλάσει την βιομάζα του και τη γενετική του δομή για να επιτεθεί ή να αμυνθεί!

Ο ίδιος ιός ,από τον οποίο είναι προσβεβλημένος ο Alex, έχει απλευθερωθεί εσκεμμένα ή εκούσια στους δρόμους της Νέας Υόρκης και σιγά σιγά μολύνει τους κατοίκους μεταλλάσσοντας τους σε "τέρατα" και τα κτίρια σε "φωλιές" για αυτά! Αυτό που κάνει η κυβέρνηση είναι να στείλει μια εκπαιδευμένη ομάδα για να περιορίσει τις συνέπειες του ιού και να τον εμποδίσει να εξαπλωθεί στην υπόλοιπη Νέα Υόρκη.

Ο Alex Mercer βρίσκεται ακριβώς στη μέση προσπαθώντας να καταλάβει τι του συμβαίνει...