Μπείτε στον σκοτεινό και μυστηριώδη κόσμο του Ninja Blade όπου οι παίκτες αναλαμβάνουν να υπερασπιστούν το Τόκυο και την ανθρωπότητα από μια γενετικά μεταλλαγμένη ασθένεια. Στις κορυφές των πανύψηλων ουρανοξυστών του σύγχρονου Τόκυο, ο Ken Ogawa και η εκπαιδευμένη ομάδα του από Ninja, περιπολούν για να καταστρέψουν τα μολυσμένα τέρατα και να σταματήσουν την εξάπλωση της ασθένειας. Τα πράγματα γρήγορα χειροτερεύουν καθώς ο Ken θα προδοθεί από την ίδια του την ομάδα. Γλυτώνοντας την τελευταία στιγμή τον θάνατο, ο Ken μένει μόνος του να αντιμετωπίσει τους εχθρούς καθώς και να λύσει τον γρίφο που κρύβεται πίσω από την προδοσία του ίδιου του πατέρα του.