Έχουν περάσει 13 χρόνια από το τέλος του Πολέμου του Ενός Έτους και ο θρυλικός Char Aznable έχει επιστρέψει. Σκοπός τους είναι να νικήσει την Earth Federation και να εκδιώξει την ανθρωπότητα στο διάστημα. Ο Chat και οι Neo Zeon δυνάμεις του ξεκίνησαν να βομβαρδίζουν την γη με αστεροειδείς ώστε να είναι αδύνατον να κατοικηθεί ο πλανήτης και να μεταναστεύσει ο πληθυσμός στο διάστημα. Με τις εξασθενημένες δυνάμεις της Force Federation να μην μπορούν να αντισταθούν στην απειλή η μόνη ελπίδα είναι στα χέρια της ομάδας Bell Force και του πιλότου Amuro Ray.