Βρισκόμαστε στο έτος 2047 και στον πλανήτη Γή επικρατεί αναβρασμός παντού.

Tiberium - μία αυτοαναπαραγόμενη εξωγήινη ύλη που μόλυνε τη Γή - εξαπλώνεται ραγδαία. Οι GDI, μία υψηλής τεχνολογίας συμμαχία των πιό ανεπτυγμένων εθνών, μάχεται για να κατακτήσει το Tiberium, όμως ο Kane, ιμπεριαλιστικός ηγέτης της αδελφότητας των NOD, έχει άλλα σχέδια για τον πλανήτη Γή. Η μυστική κοινωνία του Kane, εξαρτώμενη άμεσα απο το Tiberium, το αποζητα απεγνωσμένα προκειμένου να μετατρέψει το μέλλον του κόσμου αυτού στο απεχθές όραμα του ηγέτη Kane. Η πολεμική κρίση στη Γή είναι αναπόφευκτη.