Ο Πρίγκιπας της Περσίας κατευθύνεται προς την Βαβυλώνα , έχοντας μαζί του την Kaileena, την αινιγματική Αυτοκράτειρα του Χρόνου, και ανείπωτες πληγές από το Νησί του Χρόνου. Όμως αντί την ειρήνη που λαχταρά, βρίσκει το βασίλειό του να κατασπαράζεται από τον πόλεμο και την Kaileena να πέφτει θύμα δολοπλοκίας. Μετά την απαγωγή της, ο Πρίγκιπας ακολουθεί τα ίχνη μέχρι το Παλάτι - για να την βρει δολοφονημένη από έναν πανίσχυρο εχθρό. Ο θάνατός της απελευθερώνει την ’μμο του Χρόνου, η οποία χτυπά τον Πρίγκιπα και απειλεί να καταστρέψει ότι αυτός αγαπά. Κυνηγημένος ως φυγάς, ο Πρίγκιπας ανακαλύπτει στην συνέχεια πως η ’μμος άλλαξε κάτι μέσα του, ξυπνώντας έναν Σκοτεινό Πρίγκιπα, του οποίου σταδιακά τον καταλαμβάνε