Το X-Men: The Official Game εισάγει τους παίκτες σε μία πραγματική ιστορία που ουσιαστικά είναι το σενάριο της απερχόμενης ταινίας X-Men: The Last Stand. Για πρώτη φορά το παιχνίδι δίνει τη δυνατότητα στους παίκτες ναελέγξουν τις ικανότητες των διάσημων χαρακτήρων της ταινίας, παίρνωντας τον έλεγχο του Wolverine, του Nightcrawler και του Iceman καθώς βελτιώνουν τις σήμα κατατεθέν δυνάμεις τους και προσπαθούν να επιβιώσουν μέσα από περιβάλλοντα σχεδιασμένα για να τις αναδεικνύουν. Με βοήθεια από άλλους μεταλλαγμένους χαρακτήρες, οι παίκτες θα αναγκαστούν να προβούν σε ένα προηγμένο σύστημα χειρισμού των χαρακτήρων τους καθώς απελευθερώνουν την οργή του Wolverine, την τα ακροβατικά και τις τηλεμεταφορικές δυνατότητες του Nightcrawler και να γλιστρίσουν στον αέρα πάνο στο μονοπάτι πάγου του Iceman.