Οι γενναίοι Ποντικοήρωες είναι συνηθισμένοι στις ριψοκίνδυνες και τολμηρές διασώσεις. Όμως μια μέρα, ο Πέδρο, το νεότερο μέλος των Ποντικοηρώων, ανακαλύπτει ένα ποντίκι διαφορετικό που χρειάζεται βοήθεια. Είναι ένα γοργονοποντικάκι!

Οι Ποντικοήρωες πρέπει να οπλιστούν με θάρρος καθώς τολμούν να ταξιδέψουν υποβρύχια για να βοηθήσουν τα γοργονοποντίκια. Σε αυτή την αποστολή ανακαλύπτουν μια μεγάλη κρυμμένη πολιτεία και κάνουν πολλούς καινούριους φίλους.