Ο Ιάκωβος Παπαπαϊσίου κατά κόσμον Ιορδάνης γεννήθηκε το 1885 στη Νεάπολη (Nevsehir) της Καππαδοκίας από τουρκόφωνους γονείς. Ο πατέρας του ήταν διευθυντής στο Τμήμα της Γενικής Διεύθυνσης της Οθωμανικής Εταιρείας Μονοπωλίου Καπνών Ρεζή. Τα πρώτα γράμματα διδάχθηκε στην ιδιαίτερη πατρίδα του. Πραγματοποίησε σπουδές στην Ιταλο-Γαλλική Σχολή Σκοπίων, στο Ζωγράφειο Γυμνάσιο-Λύκειο της Κωνσταντινούπολης, στη Σχολή Λαζαριστών Βεβεκίου με σκοπό να ειδικευθεί στην καταστιχογραφία για να καταλάβει μία θέση στην Εταιρία Μονοπωλίου Καπνών Ρεζή. Μετά εισήχθη στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και κατά το τελευταίο έτος των σπουδών του, το 1916, χειροτονήθηκε διάκονος από τον Σχολάρχη Μητροπολίτη Σελευκείας Γερμανό Στρινόπουλο (1912-1922). Διορίσθηκε διάκονος στην πολυπληθή τότε κοινότητα Κοντοσκαλίου με δύο ναούς την Παναγία Ελπίδα και την Αγία Κυριακή και δάσκαλος της ομώνυμης κοινοτικής σχολής. Συγχρόνως βοηθούσε στο συσσίτιο και ως διάκονος στο αγίασμα της Κοιμήσεως της Θεοτόκου Βεφά κήρυττε τουρκιστί στους Καραμανλήδες. Τον Σεπτέμβριο του 1917 ανέλαβε καθήκοντα αρχιδιακόνου της Μητροπόλεως Χαλκηδόνος. Στις αρχές Οκτωβρίου του 1919 προσλήφθηκε Κωδικογράφος της Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου και γραμματέας του περιοδικού Εκκλησιαστική Αλήθεια?, ενώ στις 17 Μαΐου του 1922 διορίστηκε Αρχειοφύλακας και Βιβλιοφύλακας και στις 7 Οκτωβρίου του 1924 ονομάστηκε Μέγας Αρχιδιάκονος των Πατριαρχείων. Στις 23 Μαρτίου του 1926 εξελέγη από την Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου Μητροπολίτης Ίμβρου και Τενέδου μη δυνηθείς να μεταβεί στην επαρχία του έως τις 20 Οκτωβρίου του 1930. Το διάστημα, που διέμενε στην Κωνσταντινούπολη διεύθυνε τα της επαρχίας του και λειτουργούσε σε ναούς. Στις 23 Μαΐου του 1950, μετά το θάνατο του Δέρκων Ιωακείμ Πελεκάνου (1931-1950) εξελέγη Μητροπολίτης Δέρκων, θέση στην οποία παρέμεινε έως τις 5 Φεβρουαρίου του 1977, οπότε υπέβαλε παραίτηση και έμενε στην ιδιωτική του οικία στον Αγιο Στέφανο. Εκοιμήθη στις 5 Μαρτίου του 1980 και τάφηκε στο Νεκροταφείο της Μονής Ζωοδόχου Πηγής Βαλουκλή.