Ο Διοσκουρίδης κατανέμει την ιατρική ύλη του σε 5 λόγους-τόμους: Στον πρώτο αναφέρει 129 φάρμακα προερχόμενα από φυτά και δένδρα, στον δεύτερο 69 από ζώα, θαλασσινά και χερσαία, 14 προϊόντα ζωικής προελεύσεως και 103 φυτά: στο τρίτο βιβλίο συνεχίζεται η αναφορά σε 158 φυτά, ενώ το ίδιο συμβαίνει και στο τέταρτο με 192 φυτά. Τέλος, στο πέμπτο βιβλίο γίνεται λόγος για 73 ποτά-φάρμακα (κυρίως διάφορα είδη οίνου) και 69 ορυκτά.

Στους 5 λόγους του όλου έργου θα βρούμε επομένως 655 φάρμακα φυτικής προελεύσεως, 82 ζωικής και 69 προερχόμενα από ορυκτά, κάτι που μας δίνει συνολικά τα 807 φάρμακα, τα οποία και συναποτελούν την όλη φαρμακολογία του Διοσκουρίδη. Ο φαρμακολόγος μας ακολουθεί μια συγκεκριμένη μέθοδο στην κατάταξη αυτών των φαρμάκων: τα κατατάσσει κατά είδη (μπαχαρικά, έλαια, αλοιφές, ζώα, μέλι, γάλα, χόρτα άγρια και κηπευτικά, φυτικοί καρποί, λάδι, οίνος, ορυκτά και μέταλλα). Τα κατατάσσει επίσης ανάλογα με τη θεραπευτική τους χρήση κατά ομάδες (διουρητικά, όσα προκαλούν διάρροια κ.τ.λ.). Ακόμη, η παρουσίασή τους ακολουθεί ορισμένη μέθοδο: περιγραφή, προέλευση, παρασκευή, χρήση και θεραπευτική ιδιότητα.

Τα μεγάλα πλεονεκτήματα του έργου είναι η κατάταξη και η πληρότητα του όλου φαρμακευτικού υλικού σε σχέση με τα συγγράμματα των προηγούμενων φαρμακολόγων. Η μέγιστη αξία του έργου ενισχύεται, κυρίως, και από το ότι είναι η τελευταία παρακαταθήκη των φαρμακολογικών σπουδών από τον Διοκλή μέχρι τον Κρατεύα και τον Sextus Niger και μας δίνει τη δυνατότητα ν αποκτήσουμε μια γενική εικόνα των απολεσθέντων συγγραμμάτων αυτού του κλάδου και να γνωρίσουμε έτσι τα επιτεύγματα της μέχρι τότε φαρμακολογίας.