Κατα τη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής, άλλοι αρχειομαρξιστές εντάχτηκαν στον ΕΛΑΣ και άλλοι όχι. Ο σταλινικός μηχανισμός, όμως, δεν έκανε διακρίσεις. "Καθάρισε" και από τους μεν και από τους δε. Όλες οι εκκαθαρίσεις έγιναν το 1944, από τον Απρίλιο μέχρι τον Αύγουστο. Δεν υπήρξαν εκκαθαρίσεις μετά την αποχώρηση των Γερμανών και την είσοδο του ΕΛΑΣ στο Αγρίνιο (Σεπτέμβριος του 1944). Παρόλο που ο δεύτερος γραμματέας της Κεντρικής Επιτροπής Επιτροπής του ΚΚΕ, ο Γιάννης Ιωαννίδης, απειλούσε από το Καρπενήσι όπου βρισκόταν τότε ότι "Οι ενέργειές σας δείχνουν οπορτουνισμό", η παρέμβαση κάποιων ηγετικών προσωπικοτήτων του ΚΚΕ και του ΕΑΜ της περιοχής σταμάτησε την επέκταση της σφαγής των αρχειομαρξιστών, σε αντίθεση με ό,τι συνέβη στην Αθήνα και στον Πειραιά, όπου οι περισσότεροι αρχειομαρξιστές και τροτσκιστές εκκαθαρίστηκαν μετά την Απελευθέρωση και κατά τις ημέρες των Δεκεμβριανών.