Έτος 1204 μ.Χ. Τα στρατεύματα της Δ' Σταυροφορίας, που έχουν εισβάλει στη Βυζαντινη Αυτοκρατορία, καταλαμβάνουν και λεηλατούν την Κωνσταντινούπολη. Η Ελλάδα διαμελίζεται: στο χώρο του Αιγαίου σχηματίζονται νέα ελληνικά, φραγκικά και βενετσιάνικα κρατίδια. Τρία χρόνια αργότερα, ένα πλήθος απο Ενετούς τυχοδιώκτες υπό τον Μάρκο Σανούδο κυριεύει τη Νάξο καθώς και άλλα νησιά των Κυκλάδων. Έκτοτε, η Νάξος θα γίνει πρωτεύουσα του Δουκάτου του Αιγαίου ή του Αρχιπελάγους. Οι Ενετοί θα κυριαρχήσουν στο νησί για περίπου δυόμισι αιώνες, ενώ η εξουσία τους επί των εντοπίων θα διατηρηθεί ουσιαστικά και κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Σιωπηλοί μάρτυρες της παρουσίας των Ενετών στη Νάξο θα παραμείνουν τα μνημεία, που άφησαν οι κατακτητές πίσω τους: το Κάστρο της Χώρας και οι διάσπαρτοι σε όλο το νησί πύργοι.