Η «μητριαρχία» είναι ένας από τους κύριους θεματικούς άξονες στο έργο του Παναγή Λεκατσά και επανέρχεται συχνά στα βιβλία του και στα άρθρα του.

Στο ομώνυμο βιβλίο παραθέτει τα επιχειρήματα για την ύπαρξη του αρχέγονου σταδίου της Κυριαρχίας των Μητέρων στην αρχαία Ελλάδα: τη μητρωνυμία, τις επιβιώσεις του ομαδικού γάμου, το γάμο της βασιλοκόρης, τη θέση της γυναίκας στη Μινωική Κρήτη κ.ά. Ταυτόχρονα εξετάζει το πέρασμα από τη μητριαρχία στην πατριαρχία, όπως αντανακλάται στην Ορέστεια του Αισχύλου.