Καθόσον αφορά στην δομή του Β' τόμου, στην κατάταξη της ύλης, ακολουθούμε τον Α' τόμο. Εκεί -στην Εισαγωγή- προτείνουμε, αντίθετα με ό,τι γενικά εφαρμόζουν άλλοτε και τώρα οι πατρολόγοι, την απόλυτη χρονολογική κατάταξη της ύλης. Χρονολογικά παρουσιαζόμενα τα πρόσωπα και τα κείμενα της Εκκλησίας, αποκτά ο αναγνώστης την όλη εικόνα της ζωής της Εκκλησίας που είναι ενιαία. Όταν στην Αλεξάνδρεια γράφει ο Μ. Αθανάσιος κατά του Αρείου, στην Νίσιβη και την Έδεσσα ο σύρος Εφραίμ συνθέτει τα οικοδομητικοδιδακτικά του ποιήματα, ενώ στην Ρώμη ο λατίνος Marius Victorinus επιχειρεί στοιχειώδη τριαδολογία.