Σεπτέμβριος του 2009. Ένας μυστηριώδης φάκελος παραδίδεται στον Γκουίντο ντε Μόλα εκ μέρους του παππού του. O φάκελος περιέχει ένα γράμμα και δύο χειρόγραφα, ένα σύγχρονο και ένα της αναγεννησιακής περιόδου.

Ο Ντε Μόλα ανακαλύπτει ότι η οικογένειά του είναι από αιώνες θεματοφύλακας ενός τρομερού μυστικού, που αφορά το φιλόσοφο Τζοβάνι Πίκο της Μιράντολα, τις εσωτεριστικές και ασυνήθιστες Θέσεις του και την προέλευση των τριών μονοθεϊστικών θρησκειών, της χριστιανικής, της εβραϊκής και της ισλαμικής. Ενός μυστικού που, αν αποκαλυφθεί, μπορεί να θέσει υπό αμφισβήτηση τον κόσμο όπως τον γνωρίζουμε εδώ και δύο χιλιάδες χρόνια.

Μέσα από διαφορετικές εποχές, από τη λαμπερή Ρώμη του 15ου αιώνα και του Ιννοκέντιου Η' και τη Φλωρεντίας του Λορέντσο του Μεγαλοπρεπούς έως τη φασιστική Ιταλία της δεκαετίας του '30 και τέλος στο σήμερα, το 999 Ο Τελευταίος Φύλακας οδηγεί τον αναγνώστη σε ένα αξέχαστο ταξίδι μέσα στο χρόνο, το χώρο και τα μυστήρια της ανθρώπινης γνώσης.