Στο χωριό Κονοχαγκακούρε, οι νίντζα είναι η ανώτερη αρχή και η εκπαίδευσή τους γίνεται στο πεδίο της μάχης. Ο Ναρούτο, ο Σάσουκε και η Σάκουρα είναι συμμαθητές και εκπαιδευόμενοι νίντζα που συνεργάζονται (κατά κάποιο τρόπο) για ένα κοινό σκοπό: να γίνουν οι καλύτεροι νίντζα στη χώρα!

Μόνο λίγες μάχες απομένουν στους προκριματικούς για την ολοκλήρωση της τρίτης φάσης των Εξετάσεων Επιλογής Τσούνιν (νίντζα αρχηγών ομάδων), και ο αγώνας που όλοι περίμεναν ανάμεσα στο μυστηριώδη νίντζα της άμμου Γκάαρα και τον ανερχόμενο, γεμάτο ζήλο νίντζα του Κονόχα Ροκ Λη ξεκινά.

Θα μπορέσει ο Λη να αντισταθεί στον αιμοδιψή Γκάαρα και στις παράξενες δυνάμεις του, που βασίζονται στο χειρισμό της άμμου;
Θα καταφέρει ο Λη να αποδείξει ότι η αφοσίωση και η σκληρή δουλειά είναι αρκετές για να τον κάνουν έναν σπουδαίο νίντζα;