Ένας ιδεαλιστής Πορτογάλος ιεραπόστολος, ο ιησουίτης Σεμπαστιάου Ροντρίγκες, φτάνει στην Ιαπωνία του 1640 για να συμπαρασταθεί στους καταπιεζόμενους χριστιανούς Ιάπωνες, αλλά και να ανακαλύψει την αλήθεια που κρύβεται πίσω από την αποστασία του προκατόχου του, του έμπειρου ιεραπόστολου Φερέιρα, ο οποίος δεν άντεξε το μαρτύριο «του λάκκου» στο Ναγκασάκι. O Ροντρίγκες θα βρεθεί, κι αυτός, πολύ γρήγορα μπροστά σε τρομερά ηθικά διλήμματα: θα βρεθεί, όμως, κυρίως μπροστά στη σιωπή, στη σιωπή του Θεού, ο οποίος μοιάζει να αποδέχεται τα φριχτά εγκλήματα και τα φοβερά βασανιστήρια στα οποία υπόκεινται οι πιστοί Του.

Από τα αριστουργήματα της ιαπωνικής λογοτεχνίας του 20ού αιώνα, η Σιωπή έκανε πασίγνωστο τον δημιουργό της στη Δύση, ο οποίος, λόγω της καθολικής του διαπαιδαγώγησης, αποκλήθηκε «ο Ιάπωνας Γκράχαμ Γκριν». Τη νέα αυτή έκδοση της Σιωπής, προλογίζει ο Μάρτιν Σκορσέζε, ο οποίος ανέλαβε να μεταφέρει στην οθόνη το μυθιστόρημα του Έντο.